청국장의 어원은 청나라에서 유래되었다는 설이 있고, 청나라의 누룩(국麴) 같다고 하여 청국장(淸麴醬) 또는 전쟁터에서 빨리 만들어 먹을 수 있는 장이라 하여 전국장(戰國醬)이라고 불리게 되었다는 주장도 있다 그러나 콩은 옛 고구려와 발해의 땅인 만주를 포함한 한반도 북부가 그 원산지로 알려져 있으며, 이곳은 기마민족들이 살던 곳으로 아마 이들이 가장 먼저 콩을 이용하는 방법을 터득하게 되었을 것으로 추측된다.

조선 정조 때의 사학자 한치윤이 쓴 역사책인 해동역사(海東繹史)에는 중국의 역사책인 신당서(新唐書)를 인용해 발해(渤海)의 특산물로 발해의 수도인 책성(柵城)의 ‘시(豆支)’를 꼽았다. 서기 200년경에 나온 설문해자(說問解字)라는 사전에는 ‘시(豆支)’를 콩과 소금을 혼합해 어두운 곳에서 발효시킨 식품이라고 표현해 놓고 있다. ‘시(豆支)’가 된장인지 청국장인지 확실하지 않지만 중국의 기록에는 ‘시(豆支)’가 발해의 특산물이라고 했고, 또 고구려 사람들이 발효식품을 잘 만들었다는 기록이 등장한다.

한편 신라 30대 왕인 문무왕이 서기 671년, 당나라의 장군 설인귀가 웅진도독부를 설치하는 것을 막기 위해 보낸 항의문에 ‘웅진 길이 막혀 염시가 바닥났다’는 내용이 있는데 이 염시(삶은 콩에 콩 누룩을 섞어 소금물에 담갔다가 발효시켜 말린 것)가 지금의 청국장이라고 한다. 다만 이 지역 사람들은 유목민족으로 이들은 말 안장 밑에 콩을 넣고 다니면 장거리를 이동하는 과정에서 사람과 말의 체온(37~40℃) 및 외부온도에 의하여 자연 발생적으로 콩 자체에 부착된 발효세균에 의하여 점질물이 형성되고 쉽게 변질되지 않는 청국장이 된다는 사실을 경험적으로 알게 되었을 것이다.

유목민족들은 집단적으로 장거리 이동시에 청국장이 수분이 적고 찰기가 있는 작은 덩어리로 쉽게 만들 수 있었기 때문에 휴대하기가 편리하고 저장성이 높아서 이동용 즉석식품으로 많이 이용되지 않았을까 생각된다.
조선 숙종 때의 실학자 홍만선(洪萬選)이 1715년에 쓴 농업백과사전인 <산림경제山林經濟>에 ‘전국장戰國醬’ 이라는 명칭이 처음 나온다. 전쟁이 나도 빨리 만들어 먹을 수 있다고 해서, 청국장은 ‘전국장’이라고 했다는 설을 뒷받침해 준다.

<증보산림경제>에도 ‘전국장’에 대한 설명이 나온다. ‘대두를 잘 씻어 삶은 후 고석(볏짚)에 싸서 따뜻하게 사흘간 두면 실이 난다’고 청국장 만드는 법에 상세히 기술해 놓았다.청국장은 한국 뿐 아니라 일본에까지 전해져 청국장을 나또(natto)라 하며, 중국 서역 지방까지 전해지게 되었고, 점차 동남아시아 지역인 네팔, 태국, 인도네시아 청국장 음식문화권이 형성되었고 부탄, 아프리카까지 퍼져 나가게 되었다고 한다. 우리나라의 청국장과 유사한 낫또는 일본의 대표적인 두류 발효식품이다. 청국장은 삶은 콩에 볏짚을 조금 넣거나 그대로 자연발효 시키지만, 낫또는 낫또균을 인공적으로 접종해 발효시킨다는 점에서 차이가 난다.

낫또의 발효에 이용되는 발효균은 세균분비의 일종인 바실러스 스브틸리스계의 바실러스 낫토 즉 납두균인데 이균은 생육 조건에서 비오틴(수용성 비타민)을 요구한다는 점이 다르다. 청국장은 삶은 콩을 일정한 온도에 두면 바실러스균이 자라나 콩 단백질을 분해시킨다. 이때 세균의 일종인 고초균이 자랴면서 전분 분해 효소, 단백질 분해 효소 등의 효소를 분비하기 때문에 소화가 잘 되고 맛도 좋으며 영양가도 놓아진다.
또한 청국장의 혈전용해능력이 낫또에 비해 3~4배 이상 높다고 하였다.
최근에는 냄새 안나는 청국장을 개발해 청국장의 특이한 냄새를 싫어하는 젊은이들의 입맛에 맞게 개발하여 인기를 끌고 있다.

청국장은 발효를 어떤 식으로,어떤 환경에서 했느냐에 따라 냄새가 달라진다.흔히들 전통방식으로 짚을 사용해서 발효한 청국장은 볏짚속의 청국균과 다른 잡균이 함께 발효에 관여하므로 여러 가지 복합적인 냄새가 발생 되며 또한 곰팡이균등으로 인한 단백질이 부패되면서 발생되는 암모니아 냄새가 섞인 것이다.이러한 청국장 냄새를 최소화 하기 위해서는 짧은 시간에 강열한 발효가 일어날 수 있게 해야 하는데, 콩을 삶아서 청국장 종균을 투입해서 청국장을 만들면 냄새가 안난다.