#미국 갑상선협회에서 지적하는 갑상선 기능 저하증의 원인은
-자가 면역질환: 자가 면역질환 때문에 갑상선 호르몬을 만들 갑상선 세포와 효소가 부족한 경우다. 남성보다는 여성에게 더 많다. 하시모토 갑상선염(자가면역성 갑상선염)과 위축성 갑상선염이 있다.

-수술로 갑상선을 부분적으로 혹은 전체를 제거한 경우: 갑상선 결절, 갑상선 암, 그레이브스씨병이면 부분적이거나 전체적으로 갑상선을 제거하는 치료를 한다.

-방사선 치료: 그레이브스씨병, 결절성 갑상선종, 갑상선 암 치료의 일환으로 요오드 방사선 치료를 하는데, 갑상선이 파괴된다. 호지킨 림프종, 머리나 목 쪽의 두경부암 등 치료로 방사선 치료하는 경우도 마찬가지.

-선천적 갑상선 기능 저하증: 아주 드물지만 갑상선이 없는 채로 태어났거나 혹은 일부만 있는 경우다. 또 정상 위치가 아닌 곳에 갑상선이 있는 경우도 있다.

-갑상선염: 자가면역성 또는 바이러스 감염에 의해 나타날 수 있다.

-약물: 아미오다론(amiodarone),리튬(lithium), 인터페론 알파(interferon alpha), 인터류킨-2(interleukin-2) 등 약물-요오드가 너무 많거나 혹은 너무 부족하거나 한 경우: 갑상선이 갑상선 호르몬을 생성하기 위해서는 요오드가 꼭 필요하다. 그러나 너무 많거나 너무 적으면 갑상선 문제가 나타날 수 있다.